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材料和方法
1.肿瘤组织标本:收集大肠癌根治性切除术后5个月~5年内,因肝转移接受肝切除术患者的大肠原发灶及肝转移灶石蜡标本共34例。全部标本的组织定性均为大肠腺癌,其肿瘤细胞含量>90%。
2.DNA提取:石蜡切片首先脱蜡至水化,然后经蛋白酶K/SDS TE缓冲液在48℃下消化48小时,再经饱和酚/氯仿抽提,最后以3 mol/L的醋酸钠(pH5.2)和2倍体积的95%乙醇沉淀DNA。在紫外分光光度计下测吸光度A 260/A 280(曾称光密度OD),二者比值通常在1.7~1.8。合格的DNA样品保存于-70℃下。
3.PCR:DNA样品首先在94℃处理4分钟,以灭活蛋白酶。PCR扩增条件为95℃ 30秒→58℃ 30秒→72℃ 90秒,共35个循环。最后经过72℃ 7分钟“延伸”步骤,进入4℃程序下保存。PCR产物经2.7%琼脂电泳确认为单一条带者为合格。为便于DGGE分析,在每一对引物的正向引物5′端加有一个28 bp长的GC-rich序列(表1)。
表1 p53引物及DGGE电泳条件
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外显子 |
引物序列 |
PCR片段
大小 |
DGGE |
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变性剂浓度(%) |
电泳时间(h) |
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5 |
Forward 5′(GC)*CTC TTC CTG CAG TAC TCC CCT GC-3′ |
239 |
50~80 |
3~4 |
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Reverse 5′-GCC CCA GCT GCT CAC CAT CGC TA-3′ |
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6 |
Forward 5′(GC)GAT TGC TCT TAG GTC TGG CCC CTC-3′ |
213 |
40~70 |
6~8 |
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Reverse 5′-GGC CAC TGA CAA CCA CCC TTA ACC-3′ |
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7 |
Forward 5′(GC)GTG TTG TCT CCT AGG TTG GCT CTG-3′ |
167 |
40~70 |
7~8 |
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Reverse 5′-CAA GTG GCT CCT GAC CTG GAG TC-3′ |
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8 |
Forward 5′(GC)ACCTGATTTCCT TACTGCCTCTGG C-3′ |
228 |
35~65 |
4~6 |
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Reverse 5′-GTC CTG CTT GCT TAC CTC GCT TAG T-3′ |
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9 |
Forward 5′(GC)GCC TCT TTC CTA GCA CTG CCC AAC-3′ |
130 |
20~60 |
4~5 |
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Reverse 5′-CCC AAG ACT TAG TAC CTG AAG GGT G-3′ |
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* (GC)=5′-CGCCCGCCGCGGCCCGCCGCCCCGCCCG-3′ 4.DGGE:DGGE按照文献[3,4]所述方法进行。首先利用垂直型DGGE,确定每一外显子的最适变性剂浓度范围。然后通过平行DGGE进行样品检测,电泳时的温度为56℃,电压为150 V,所需时间依外显子的不同而不同(表1)。电泳后,胶板经3 μg/ml的溴化乙啶染色20分钟,在紫外灯透照器上观察并摄像。
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