1、胃肠道反应：环磷酰胺有明显的胃肠道反应，如食欲不振，恶心呕吐等，可给胃复安，吗叮啉等药物。

    2、 血液系统：应用环磷酰胺能抑制骨髓，使白细胞减少，大剂量使用可导致血小板减少，贫血，患者在使用环磷酰胺时要检查周围血象，如周围血中的白血球低于4.0×109/L，一般暂不用环磷酰胺。

    3、 泌尿系统：患者使用环磷酰胺后有时会尿频尿急尿痛，还可出现血尿，高浓度使用时，易造成出血性膀胱炎，为减少其副作用，可在静点环磷酰胺时增加液体量，并增加饮水量，以使药物浓度稀释，有利排出体外。

    4、 增加肿瘤发病率：长期应用环磷酰胺可发生白血病，皮肤癌症，淋巴瘤等，有报道长期应用环磷酰胺的患者膀胱癌的发病率高于正常人10倍。据观察环磷酰胺诱发肿瘤的机率与用药剂量，疗程长短成正比，采用低剂量，间歇给药疗法可以降低肿瘤的发生率。

    5、 其他：环磷酰胺能抑制卵细胞发育，影响生育，还可导致月经不调，暂时性脱发，皮肤、指甲色素沉着等副作用。