幽门螺旋杆菌的诊断可大分为二大类，一类是侵袭性的检查法，是经由胃镜取胃粘膜检体做尿素检测，病理学检查及细菌培养。这种方法最大的好处是可以做种种检测确认培养出来的细菌就是幽门螺旋杆菌，而且可以分析各别菌株毒性强弱及对抗生素抗药性的有无，对使用那一种杀菌药物组合的选择可以有所帮忙，另外更可以在胃镜检查时查看胃内是否有其它的病变如胃癌、胃淋巴瘤等，而最大的缺点是必须使用胃镜检查，有些病人有胃镜恐惧症而无法接受这样的检查。另一类的检测方法为非侵袭性，包括尿素氮呼气试验、血清检查、大便中幽门螺旋杆菌抗原的检测及尿液检查。

    最近，由于生化科技的进步，己经研发出一些新的检测方法(粪便HpSA及尿液URINELISA检测)，由酵素免疫分析法来侦测粪便或尿液中是否有幽门螺旋杆菌的存在。

    尿液幽门螺旋杆菌的检测是一个准确、简单、快速、便宜，又不具侵袭性的检查，不受病人年龄，是否配合等因素影响，所以可以应用在大人、小孩、植物人、放呼吸器的病人、甚至完全不合作的精神病人。也可以应用在新鲜或冷冻的尿液，更可以目测法来判定结果。所以尿液幽门螺旋杆菌的检测是一个可以用在诊断或大规模筛检幽门螺旋杆菌感染情况的一个新利器。

    和血清检查一样，它的缺点是即使幽门螺旋杆菌已被消除，抗幽门螺旋杆菌抗体却仍然会持续六个月以上甚至达到一年才会消失，所以没办法直接反应现在幽门螺旋杆菌感染的情形。所以在未曾接受过幽门螺旋杆菌根除疗法病人可以当成起始的诊断方式，而在成功的根除幽门螺旋杆菌之后，抗体效价会逐渐下降，但是直到数年后并不一定会降到零，就因为抗体效价会持续一段时间，所以幽门螺旋杆菌抗体测试的方法不应该用于检测病人幽门螺旋杆菌是否已被根除。